然而平静的日子并没有持续太久。一天，基地的监测仪器显示远方有一股神秘力量波动传来。主角带领小队前去探查，发现竟是一艘坠毁的外星飞船。他们小心地接近，飞船内部结构复杂且充满未知科技。在探索过程中，主角不小心触发了一个装置，一道投影显现出一段模糊影像，似乎是外星人在研究一种能够净化地球环境的方法，但也涉及到一些危险实验导致生物变异失控。
主角意识到或许可以借助这些外星科技改善地球现状。正当他们打算进一步深入研究时，更多的变异生物被吸引而来，而且比之前更强大凶猛。主角等人一边对抗变异生物，一边保护外星科技物品。经过一番苦战，他们终于击退了变异生物群。带着外星科技资料返回基地后，技术人员全力破解研究。最终成功制造出了一种能够抑制变异生物生长并且慢慢净化环境的仪器，人类在末世中的曙光逐渐显现。
就在人们沉浸于希望之中时，监测仪器再次发出警报。屏幕上显示出一大片黑点正在快速移动，原来是那些被抑制生长的变异生物发生了突变，它们进化出了免疫能力，变得更加狂暴，数量也急剧增加。
主角决定主动出击，他带领一队精英战士，携带新研制的强力武器和净化仪器向着变异生物群奔袭而去。到达目的地后，他们先布置好净化仪器的强化版。战斗一开始，变异生物潮水般涌来。主角身先士卒，新武器威力惊人，每一击都能消灭大片变异生物。但这些怪物悍不畏死，不断冲击防线。
关键时刻，净化仪器发挥作用，周围空气开始清新起来，土地也渐渐恢复生机。变异生物开始萎靡不振，战斗力锐减。主角抓住机会，率领众人发起总攻。经过激烈战斗，终于将变异生物全部剿灭。
主角望着重归宁静的大地，心中感慨万千。人类虽历经磨难，但只要心怀希望，不断抗争，终能重建美好家园。
在战胜变异生物后，主角成为了基地中的英雄。人们围绕着他欢呼雀跃，孩子们眼中满是崇拜。然而主角并未因此懈怠，他深知地球的生态平衡依然脆弱。
主角召集技术人员，打算依据外星科技进一步优化净化仪器，使其能更快地修复整个地球的生态。就在这时，监测仪器捕捉到一个异常信号，来自地下深处。
主角带领一支探险队深入地下洞穴探寻。在洞穴中，他们发现了一块散发奇异光芒的晶体。经检测，这块晶体蕴含着巨大能量，似乎是远古时期地球自身孕育的能量源。
主角推测如果能将其能量运用到净化工程中，定能大大加速进程。但与此同时，晶体周围存在着古老的守护机制，一旦触碰就会引发危险。主角和队员们精心策划，克服重重困难绕过守护机制取得了晶体。
回到基地后，技术人员成功将晶体能量融合进净化仪器。随着仪器重新启动，绿色的光芒以基地为中心向四周扩散，所到之处植被疯长，水源清澈，地球逐渐恢复往昔的生机。人类开启了新纪元，主角的名字永远被铭记。