尽管特殊群体音乐教育项目在各方面推进过程中收获了初步的积极反馈，然而，如同平静湖面下隐藏的暗流，随着项目深入发展，一系列潜在问题逐渐浮出水面。
在社交互动课程领域，表面上各类活动开展得有声有色，热闹非凡。音乐工作坊内，特殊群体与健全人群汇聚一堂，共同奏响音乐创作的乐章；社区活动中，特殊群体自信登台，用音乐传递情感，赢得掌声。但深入探究便会发现，两者之间的交流常常流于表面，未能触及心灵深处。
以音乐工作坊为例，部分健全孩子由于对特殊群体独特的沟通方式缺乏深入理解，在合作创作时，往往无法充分领会特殊群体孩子的创意精髓。那些源自特殊感知世界的独特旋律与灵感，因沟通不畅而被搁置或曲解，使得特殊群体孩子在创作过程中的参与感和成就感大打折扣。而且，活动结束后，缺乏有效的跟进机制来促使双方进一步深入交流。短暂的互动如同流星划过夜空，虽留下瞬间的璀璨，却难以在彼此心间种下长期友谊的种子，这无疑成为特殊群体融入社会目标实现道路上的一大阻碍。
资金筹集工作同样看似顺利，实则危机四伏。与企业的合作洽谈虽取得意向性成果，但随着细节商讨的深入，问题逐渐暴露。企业出于商业利益考量，提出了一系列与项目公益理念不完全契合的要求。例如，过度强调在活动中突出商业宣传元素，甚至希望将特殊群体音乐教育作为企业营销的工具，这与项目旨在纯粹为特殊群体提供音乐教育、助力其成长的初衷背道而驰。
众筹活动在互联网平台上引发广泛关注，众多爱心人士慷慨解囊，为项目注入了短期资金活力。然而，这种资金来源犹如无根之萍，稳定性极差。公众的注意力易被新的热点事件分散，难以保证长期、持续地为项目提供资金支持。此外，专项基金申请流程繁琐冗长，犹如迷宫般复杂，且申请结果充满不确定性。下一轮基金能否成功申请，犹如悬在项目头上的达摩克利斯之剑，给项目长期资金规划带来巨大挑战。
专业人才协作方面，尽管搭建的交流平台为不同领域专业人士提供了沟通的桥梁，但随着参与人数的不断增加，协调难度呈几何级数上升。不同专业背景的人员，因其专业训练和工作经历的差异，在工作方式和理念上存在显着分歧。