这突如其来的喜讯犹如一道晴天霹雳，直直地劈落在张好古的头顶，将他惊得目瞪口呆，半晌都说不出话来。待回过神来之后，张好古的第一反应便是连连摆手摇头，表示自己万万不能接受这样的恩赐。因为他深深地明白自身能力有限，实在难以担当得起如此重要且责任重大的职务啊！
可是，无论张好古如何上书推辞，朝廷方面的态度始终异常坚决，丝毫没有应允他的请求之意。面对这种情况，张好古别无他法，只能一次又一次地上书恳请圣上收回成命。然而，所有的努力都如石沉大海般杳无音讯，朝廷依旧固执己见，坚持要授予他这些官职。
最终，在百般无奈之下，张好古也只好怀着忐忑不安的心情勉强接受了这份看似荣耀实则艰巨无比的任命。
过了两天又传来消息，这突如其来的喜讯犹如一道晴天霹雳，直直地劈落在张好古的头顶，将他惊得目瞪口呆，半晌都说不出话来。待回过神来之后，张好古的第一反应便是连连摆手摇头，表示自己万万不能接受这样的恩赐。因为他深深地明白朝廷要惩罚师兄孙元化，以升官来安抚自己。
过了两天，又传来不好的消息。
户部尚书毕自严、户部右侍郎刘重庆、四川道御史王万象等人均上疏力排抚议，或称：“孙元化乃以甘言啖贼，借名激变，特倡一抚之说……犹甘心囚首诡计入都，欲始终用抚之一着，以缓须臾之死。”或称：“非逆贼欲抚，乃败事之孙元化欲抚也；亦不独孙元化欲抚，乃左右护庇元化者之皆欲抚也。”前述的毕、刘、王等官员均为山东籍，其主剿的重要原因应均是痛心乡里遭叛军荼毒至惨。
经过这些人的轮流上奏，言辞激烈地指责孙元化犯下重罪，欲将其置于死地。他们罗列了一系列所谓的“罪证”，试图让皇帝相信孙元化应当被判处死刑。
与此同时，内阁中的温体仁更是不遗余力地想要置孙元化于死地。他暗中指使各方势力对孙元化进行攻击，并利用自己在内阁中的影响力，推动对孙元化的审判进程。最终，孙元化被锦衣卫抓走，押送至镇抚司接受审讯。
要知道，这镇抚司可是个令人闻风丧胆的地方。一旦有大臣被送入此地，即便原本没有什么罪过，那些负责审讯的官员也会想尽办法编造出各种罪名来加诸其身。因此，许多大臣一旦踏入镇抚司的大门，便很难再有翻身之日。
面对如此严峻的形势，徐光启心急如焚。他四处托人求情，希望能够救下孙元化一命。然而，此次事件背后真正的目标并非仅仅针对孙元化一人，而是直指首辅周延儒和次辅徐光启。那些政敌们深知，只要能将周延儒和徐光启拉下马来，温体仁便能顺理成章地上位成为新的首辅。
在这场政治斗争中，温体仁始终保持着低调，并不直接出面参与其中。他只是在幕后暗暗指挥，操纵着整个局势的发展。余应桂、路振飞和李梦辰等人纷纷按照他的指示上书朝廷，污蔑孙元化早已暗中反叛朝廷。他们声称，正是因为孙元化的纵容与指使，山东一带才任由叛军肆意横行，却不见官军前去围剿匪患。