失去利用价值：
尽管自己历经千辛万苦、冒着生命危险从敌营中将孙元化成功解救出来，但令人意想不到的是，崇祯皇帝竟然冷酷无情地认为此时的孙元化已然没有了丝毫的统战价值。面对这样的判断，崇祯皇帝没有表现出哪怕一丝一毫的犹豫，果断地下达了将孙元化处以极刑的命令。
朝廷内部问题：
现下的朝廷，政治腐败已经到了病入膏肓的地步，各种内部矛盾更是如同一团乱麻般错综复杂。在这种恶劣的环境下，许多原本满怀壮志、才华横溢的官员都难以施展出自身真正的能力与抱负，孙元化不幸成为了这众多受害者中的一员。
首辅周延儒念及与孙元化之间深厚的情谊，不惜赌上身家性命也要拯救自己的师兄于危难之中。为此，他甚至被迫辞去了首辅之位。然而，即便是做到如此程度，也未能改变崇祯皇帝那坚定不移的处决之心。
据自己所知，师父也曾在私底下多次为孙元化向皇帝求情。师父深知孙元化乃是国家难得一见的人才，若能留其一命，必能为大明王朝做出更多贡献。为了救下孙元化，师父甚至不惜以自家整整二十三口人的性命作为担保。但即便如此，崇祯皇帝依旧不为所动，始终不曾松口放过孙元化一马。
温体仁一心想要将周延儒、徐光启等人排挤掉，从而登上首辅之位。为此，他不择手段地发动其所属派系，处心积虑地将其师兄所存在的一些小问题无限放大，并全然不顾大明的江山社稷这一重要防线，只为满足自身的私欲。更为糟糕的是，当今圣上竟然偏听偏信温体仁的一面之词，完全不考虑可能带来的严重后果，便轻率地下令对师兄孙元化予以惩处。
张好古继续求情说道：“恳请皇上您大发慈悲，饶恕我的师兄孙元化一命吧！可以让他以戴罪立功的方式来弥补过错，哪怕从此之后永远成为平民百姓也无妨啊！要知道，如果我们的研究院能够留住他，那么就相当于拥有了数万精锐雄师一般强大。因为他对于各种知识的掌握程度远远胜过我以及宋应星许多。日后，我们国家还需要依靠他去潜心研究那些至关重要的国之重器呢！比如说并非由马匹拉动的自行行驶的钢铁巨兽般的战车，还有不需要借助风力、无需风帆便能自主驱动前行的水上堡垒——战舰。一旦这些研发工作取得成功，届时咱们大明朝必将真正展现出威震四方、万邦来朝的恢宏气势。到那个时候，皇上您将会超越秦皇和汉武，成为当之无愧的一代伟大帝君啊！”